Di SMP Negeri 2 kota Mojokerto terdapat 7 kelas yang terdiri dari 5 kelas reguler dan 2 kelas khusus. Program pembelajarannya juga dibedakan antara kelas khusus dan kelas reguler. Tujuan diadakannya program pembelajaran melalui kelas khusus adalah untuk mencetak generasi muda yang cerdas, berbakat, bertakwa, dan beriman. Kelas khusus ini dimulai sejak tahun pembelajaran 2007/2008. Kini program pembelajaran melalui kelas khusus telah memasuki generasi yang ke-empat. Program pembelajaran di kelas khusus inipun berbeda dengan kelas reguler. Kegiatan belajar mengajar di kelas khusus diciptakan seperti sekolah berstandart internasional (RSBI). Di kelas khusus juga diadakan program-program khusus untuk mengembangkan bakat dan kemampuan siswa, seperti Outbond di Kebun Raya Purwodadi tahun 2008, English Camp di Pare tahun 2009, wisata sejarah di Trowulan tahun 2010, kunjungan ke PPLH tahun 2010, dan juga diadakan tambahan jam pelajaran dari guru-guru di sekolah maupun di luar sekolah (Henialis Education Centre). Dengan program-program tersebut, diharapkan dapat menunjang pengetahuan, minat, kretivitas, dan kemampuan berpikir yang lebih logis dari siswa-siswi kelas khusus. Fasilitas yang memadai juga membantu terciptanya suasana belajar mengajar yang nyaman sehingga siswa mampu menerima pelajaran secara efektif dan efisien.
Menjadi siswa-siswi kelas khusus SMPN 2 kota Mojokerto tidaklah mudah. Diperlukan siswa-siswi yang betul-betul berbakat, berprestasi, cerdas, dan kreatif. Oleh karena itu diadakan serangkaian tes oleh SMP Negeri 2 kota Mojokerto untuk mendapatkan siswa yang memenuhi kriteria tersebut. Tes-tes yang perlu dilalui untuk menjadi siswa-siswi kelas khusus antara lain tes potensi akademik dan psikotes. Peserta yang lolos kedua tes tersebut langsung bisa menjadi murid di kelas khusus. Siswa-siswi kelas khusus telah mencapai banyak prestasi dan kejuaraan, antara lain:
· Juara 1 Olimpiade Sains Nasional tingkat Jawa Timur bidang Biologi
· Juara 1 Lomba Penelitian Ilmiah Remaja tingkat kota Mojokerto
· Juara Harapan 1 Lomba Story Telling tingkat kota Mojokerto
· Juara 3 Waterland Speech Contest tingkat kota/kab Mojokerto
· Juara 3 Olimpiade Matematika di Jombang
· Juara 3 Smansasoo Intelligence Competition 2011 bidang Bahasa Inggris
· Juara Harapan 2 Smansasoo Inteligence Competition 2011 bidang Bahasa Inggris
· Juara 1 Lomba Futsal antar kelas
· Juara 1 lomba madding & kebersihan kelas (9G)
· Juara 2 lomba madding & kebersihan kelas (9F)
· Juara 1 lomba renang se-kota Mojokerto
· Juara umum lomba renang tingkat provinsi
· Dan masih banyak yang lainnya
KEGIATAN OUTDOOR KELAS KHUSUS
Selain fasilitas yang memadai, pihak kelas khusus SMP Negeri 2 kota Mojokerto juga menyelenggarakan berbagai macam kegiatan outdoor di antaranya :
A. Outbond di Kebun Raya Purwodadi (2008)
Kegiatan ini dilaksanakan pada tanggal 2 September 2008 di Kebun Raya Purwodadi, Prigen, Pasuruan. Peserta outbond ini adalah para siswa kelas khusus generasi pertama (2007-2010) dan kedua (2008-2011) yang berjumlah sekitar 145 siswa dan beberapa guru pendamping. Selama 2 hari siswa harus menjalani serangkaian kegiatan di sana. Kegiatan outbond ini terdiri dari beberapa games berkelompok yang bertujuan melatih kekompakan, kreativitas, kelincahan, kegigihan, dan kemandirian.
B. English Camp di Pare (2009)
Sama seperti outbound, kegiatan ini diikuti oleh para siswa generasi pertama (2007-2010) dan kedua (2008-2011). Para siswa dibimbing untuk berani berbicara menggunakan bahasa inggris di kehidupan sehari-hari mereka. Di sini kami diajari bagaimana cara berbahasa inggris yang baik dan benar, bagaimana menggunakan tata bahasa dengan benar, serta bagaimana berkomunikasi dengan lancer dan percaya diri. Hasil dari belajar kami diwujudkan dalam bentuk sertifikat . dalam sertifikat itu, tertulis hasil akhir nilai-nilai kita. Ada nilai untuk speaking, listening, reading, dan writing. Di English Camp ini siswa juga diajari ber-Debate, news reading, dan berbagai macam games bahasa inggris. Di English Camp Pare inilah siswa mendapatkan banyak pengalaman yang sangat menyenangkan. Siswa menjadi lebih percaya diri dan berani berbahasa inggris di kehidupan sehari-hari kami.
C. Wisata Religi di Wali 5 (2010)
Wisata religi ini diikuti oleh para siswa kelas khusus generasi pertama (2007-2010). Tujuan diadakannya wisata religi ini adalah untuk menambah pengetahuan siswa dan meningkatkan ketaqwaan siswa kepada Tuhan. Dalam kegiatan ini, siswa diberi penjelasan oleh guru yang bersangkutan mengenai sejarah penyebaran agama Islam di Indonesia dan hal-hal lainnya yang bersangkutan.
D. Wisata Sejarah di Trowulan dan LAPAN (2010)
Wisata sejarah kali ini diikuti oleh siswa-siswi kelas khusus generasi kedua (2008-2011) dan generasi ketiga (2009-2012). Objek wisata yang dituju adalah kantor LAPAN dan candi-candi peninggalan majapahit di Trowulan. Di LAPAN, sisawa mendapatkan penjelasan mengenai system tata surya, pemanasan global, dan mengamati matahari melalui sebuah teleskop khusus. Lalu perjalanan dilanjutkan menuju ke museum di Trowulan. Di sana, siswa mendapatkan penjelasan mengenai sejarah kerajaan Majapahit, peninggalan-peninggalannya, serta siswa diajak untuk melihat dan mempelajari koleksi dari museum tersebut. Setelah puas mendengarkan penjelasan dari bapak pemandu, siswa melanjutkan perjalanan menuju candi-candi peninggalan Majapahit di Trowulan, seperti candi Budha, candi Bajang Ratu, candi Brahu, dan candi Tikus. Siswa tidak hanya sekedar mengagumi arsitektur dari candi-candi tersebut, tetapi siswa juga diberi penjelasan dan lembar kerja yang harus dikumpulkan keesokan harinya. Dengan demikian, siswa tidak hanya mendapatkan kesenangan saat berwisata, tetapi juga pengetahuan yang sangat bermanfaat.
